Afhankelijk van waar en welke versie je besteld, heeft deze game veel verschillende bonussen om uit te kiezen. Sommige alleen verkrijgbaar als gelimiteerde pre-order bonus en andere 

Fysieke pre-order bonus

Reserveer je de game voordat deze in de winkels krijgt ("pre-order"), dan krijg je Gereld Robotnik's journal en de Sonic Adventure legacy skin cadeau. 

Digital deluxe versie

De digital deluxe versie 

De digital deluxe, welke je niet perse voor de uitbrengstdatum hoeft te kopen, komt ook met de Sonic Adventure legacy skin en daarnaast nog een Terios skin. Voor vele zal Terios een onbekende character zijn. Hij is namelijk nooit eerder in de games beschikbaar geweest. Terios is 1 van de prototypes van Shadow the Hedgehog.

Daarnaast krijg je nog een extra level in het Shadow the Hedgehog deel, extra skill punten voor een snelle start in de game, extra achtergrondmuziek en een digitale artbook en soundtrack. Ook mag je de game wel 3 dagen eerder spelen, op 22 oktober.

Playstation bonus

Als je de game bij playstation koopt krijg je een gratis een DLC met een verlengde versie van de Sonic x Shadow Generations: Dark Beginnings animatie. 

Japan limited edition

In japan komt er een limited edition voor de game uit. Met een 12cm Shadow the Hedgehog beeld, sleutelhanger van Sonics en Shadows schoenen en een artbook. Wanneer deze op de japanse amazon besteld wordt als pre-order krijg je er ook een sleutelhanger van de japanse vtuber "Inugami Korone" met een Shadow costuum aan bij. 

Als nederlander kan je deze op de japanse amazon bestellen, je kan de website in het engels instellen en werkt vergelijkbaar met de nederlandse amazon (je moet wel een apart account aanmaken voor de japanse amazon). Als je daar besteld moet je rekening houden met eventuele invoerbelasting, en ook zal het langer duren voordat je de game krijgt. 
Je kan ook wachten om te kijken of Nedgame deze limited editie krijgt. Ze verkochten voorgaande japanse limited edities van Sonic ook, dus dit zal vast geen uitzondering worden. Het kan wel even duren voordat deze beschikbaar komt.

Sega Shop Japan

SegaShop japan heeft nog een aparte 'limited editie' versie, genaamd de DX pack. Dan krijg je de volgende bonussen:

• Sumi-E scroll
• Shadow coaster
• Acrylic display set van Sonic & Shadow
• Sonic x Shadow generations mok (nog geen plaatje beschikbaar)

Deze DX pack kan je kopen als DX pack met de game of DX pack met de limited editie (die uiteraard ook de game bevat). 

Deze editie is alleen te krijgen in Nederland met een importwebsite zoals fromjapan. Inmiddels is de DX pack uitverkocht.

Limited Run editie

Limited Run Games is een bedrijf in amerika die games in gelimiteerde opgave uitbrengen. Voor Sonic x Shadow generations. 

Je hebt t/m 6 oktober om deze te reserveren op de Limited Run Website. Inclusief verzendkosten naar Nederland kost deze ongeveer €330. Daarnaast moet je rekeninghouden met invoerbelasting en invoerrechten die je moet betalen als het pakketje in Nederland komt, waardoor het totaal ongeveer €400 zal zijn.

Deze limited editie komt met de amerikaanse versie van het spel, hou er rekening mee dat deze niet op de dag van release bezorgt zal worden en dat mogelijk europese DLC niet goed werkt.

Sonic Movie 3 DLC

Deze DLC komt bij de digital deluxe versie van de game, maar is naar verwachting ook los verkrijgbaar. Hier krijg je een extra level gebaseerd op de film en kan je spelen als Shadow the Hedgehog van de film, met de stem van Keanu Reeves.